Hoewel de jurisprudentie van het Hof een aantal kwesties op het gebied van het heffen van registratiebelastingen in het land van bestemming heeft opgelost, is er in diverse situaties nog altijd sprake van een aantal problemen.
Registratiebelastingen
Burgers kunnen geconfronteerd worden met dubbele belastingen als zij een auto permanent naar een andere lidstaat verplaatsen of als zij de auto voornamelijk gebruiken in een ander land dan het land waar de auto in eerste instantie is geregistreerd.
Dubbele belasting komt met name voor als burgers migreren vanuit een lidstaat die een registratiebelasting heft zonder restitutie te verlenen ingeval een auto wordt overgebracht naar een andere lidstaat die een registratiebelasting heft zonder in een dergelijk geval een belastingvrijstelling te verlenen. Er kan ook sprake zijn van dubbele belasting als een auto in een lidstaat is geregistreerd die registratiebelastingen toepast en de auto voornamelijk wordt gebruikt (tijdelijk of permanent) in een andere lidstaat die eveneens registratiebelastingen toepast (de situaties 3 en 5 hierboven).
Naarmate de EU-integratie voortschrijdt, verplaatsen steeds meer mensen zich van het ene naar het andere land om er te wonen, te studeren, te werken of van hun oude dag te genieten. Of zij hebben vakantiewoningen in andere lidstaten en zij laten hun (tweede) auto dan daar[14]. Hoewel de EU-regels in een aantal specifieke gevallen dubbele belasting voorkomen, kan het probleem van dubbele belasting zich nog altijd in een groot aantal andere gevallen voordoen.
Motorrijtuigenbelastingen
Naar verwachting is er geen sprake van dubbele belasting wat motorrijtuigenbelastingen betreft, aangezien deze belastingen jaarlijks en uitsluitend pro rata worden geheven, d.w.z. dat zij doorgaans worden gerestitueerd in geval van deregistratie.
